خلاصه داستان: استان فیلم یکسال پس از وقایع قسمت نخست «لاک پشت های نینجا» که طی آن لاکپشت های نینجا اجازه ندادند ویروس مرگبار توسط "شریدر" در نیویورک منتشر شود، رخ می دهد. خبر می رسد شریدر توانسته از از چنگال قانون بگریزد. وی پس از فرار از زندان به سراغ یک دانشمند دیوانه به نام استوکمن می رود تا با استفاده از قابلیت های او، تعدادی کله گنده برای پیشبرد اهدافش خلق کند...
